這主要表現在分不清一般健康體檢和職業健康檢查的關系。部分人員包括一些企業領導干部認為自己已經做過健康檢查，由此拒絕參加單位安排的職業健康檢查，這既是很多問題出現的根源，也是職業健康檢查開展困難的重要原因。

一些需要進行職業健康檢查的員工，以所謂的“免費福利” ，將職業健康檢查機會“贈予”親屬，嚴重干擾了企業職業健康監護的正常進行。例如，曾經有一名員工出現替檢現象，但不肯承認，最后經各相關方重新安排其本人檢查后，經對比體檢結果，方才承認，并同意補交檢查費用。當然， 體檢費用是小事，而一旦因此產生職業病糾紛，則對于勞動者和企業雙方來說，都不僅僅是一筆檢查費所能解決的。同時，還有一些用人單位出于經濟利益的考慮，安排一些不接觸職業病危害因素的勞動者頂替接觸職業病危害因素的勞動者進行職業健康檢查，以逃避需承擔的相關費用和罰則。

職業健康檢查主要是針對員工接觸的職業危害因素，來確定體檢項目，但因部分員工的自身意愿，往往不能做到全檢。比如，接觸粉塵人員應進行“胸肺透視” ，但有些員工會過分夸大 X 線照射危害而放棄檢查。還有的員工清楚自己有某方面的禁忌疾患，故意不做檢查，逃避調崗。這些均造成體檢信息的缺失，使診斷醫師無法做出全面綜合的分析，做出準確的檢查結論。

部分企業職業衛生管理人員在填報接害人員接害信息時，為減輕責任，存在將企業所有危害視同全部人員一律接觸進行報送的情況。而目前職業健康檢查普遍缺乏醫療機構對接害人員接害狀況及程度分級的調查，造成了一定程度上的體檢結論失實。另外，還有部分企業為增加體檢項目，會填報多項接害因素，既增加了醫療機構的診斷難度，又浪費了醫療資源。

部分人員在填報個人信息時，會刻意隱瞞自身疾病，加之缺乏與醫療機構有效溝通，導致醫師在根據檢查結果進行診斷時會因記錄不清沒能對患者足夠重視，或造成誤診。

部分醫療機構受利益驅動，較少考慮體檢環境的舒適性，一味承攬業務，造成院所客流量大、人員繁雜、事項交疊，致使服務質量下降，無法滿足咨詢、檢查時細致耐心的要求，容易引起員工不良情緒。另外，由于業務量大，人員重名情況多，在告知個體檢查結果時，可能會出現通報錯誤，對無關人員造成一定程度的精神傷害。

一些企業對員工檢查結果的告知未采取任何保密措施，有時甚至會在本人不情愿的情況下，弄得路人皆知。檢查結果作為員工個人隱私，除應掌握情況的企業職業健康管理人員外，不宜“廣而告之” 。因此，企業在將檢查結果進行書面告知時，一定要注意密封后一對一交由本人，未經授權或同意，外人不得隨意拆閱。當然企業也不能將此作為隱瞞職業病的手段。

由于人員流動加快，很多企業對用工的離崗前職業健康檢查采取“睜一只眼閉一只眼”的態度，放松監管。認為一旦出現職業病糾紛，企業終不能免責，于是默認對員工離崗體檢要求的失控。離崗體檢率低已成為基層企業職業衛生工作存在的普遍現象及重要問題之一。